Santa Rosa de Lima nació el 20 de Abril de 1586 en la vecindad del hospital del Espíritu Santo de la ciudad de Lima, entonces capital del virreinato del Perú. Era hija de Gaspar Flores (un arcabucero de la guardia virreinal natural de San Juan de Puerto Rico) y de la limeña María de Oliva, que en el curso de su matrimonio dio a su marido otros doce hijos. Recibió bautismo en la parroquia de San Sebastián de Lima, siendo sus padrinos Hernando de Valdés y María Orozco.
En compañía de sus numerosos hermanos, la niña Rosa se trasladó al pueblo serrano de Quives (localidad andina de la cuenca del Chillón, cercana a Lima) cuando su padre asumió el empleo de administrador de un obraje donde se refinaba mineral de plata. Las biografías de Santa Rosa de Lima han retenido vivamente el hecho de que en Quives, que era doctrina de frailes mercedarios, la futura Santa recibió en 1597 el sacramento de la confirmación de manos del Arzobispo de Lima, Santo Toribio Alfonso de Mogrovejo, quien efectuaba una visita pastoral en la jurisdicción.
Aunque había sido bautizada como Isabel Flores de Oliva, en la confirmación recibió el nombre de Rosa, apelativo que sus familiares empleaban prácticamente desde su nacimiento por su belleza y por una visión que tuvo su madre, en la que el rostro de la niña se convirtió en una rosa. Santa Rosa asumiría definitivamente tal nombre más tarde, cuando entendió que era "rosa del jardín de Cristo" y adoptó la denominación religiosa de Rosa de Santa María.
Ocupándose de la biografía de Santa Rosa de Lima, correspondiente a sus años de infancia y primera adolescencia en Quives, Luis Millones ha procurado arrojar nueva luz mediante la interpretación de algunos sueños que recogen los biógrafos de la Santa. Opina Millones que ésa pudo ser la etapa más importante para la formación de su personalidad, no obstante el hecho de que los autores han preferido hacer abstracción del entorno económico y de las experiencias culturales que condicionaron la vida de la familia Flores-Oliva en la sierra, en un asiento minero vinculado al meollo de la producción colonial. Probablemente esa vivencia (la visión cotidiana de los sufrimientos que padecían los trabajadores indios) pudo ser la que dio a Rosa la preocupación por remediar las enfermedades y miserias de quienes creerían luego en su virtud.
Ya desde su infancia se había manifestado en la futura santa su vocación religiosa y una singular elevación espiritual. Había aprendido música, canto y poesía de la mano de su madre, que se dedicaba a instruir a las hijas de la nobleza. Se afirma que estaba bien dotada para las labores de costura, con las cuales ayudaría a sostener el presupuesto familiar. Con el regreso de la familia a la capital peruana, pronto destacaría por su abnegada entrega a los demás y por sus extraordinarios dones místicos.
Por aquel entonces, Lima vivía un ambiente de efervescencia religiosa al que no fue ajeno Santa Rosa: era una época en que abundaban las atribuciones de milagros, curaciones y todo tipo de maravillas por parte de una población que ponía gran énfasis en las virtudes y el ideal de vida cristiano. Alrededor de sesenta personas fallecieron en "olor de santidad" en la capital peruana entre finales del siglo XVI y mediados del XVIII. Ello originó una larga serie de biografías de santos, beatos y siervos de Dios, obras muy parecidas en su contenido, regidas por las mismas estructuras formales y por análogas categorías de pensamiento.
En la adolescencia, Santa Rosa se sintió atraída con singular fuerza por el modelo de la dominica Santa Catalina de Siena (mística toscana del siglo XIV); siguiendo su ejemplo, se despojó de su atractiva cabellera e hizo voto de castidad perpetua, contrariando los planes de su padres, cuya idea era casarla. Tras mucha insistencia, los padres desistieron de sus propósitos y le permitieron seguir su vida espiritual. Quiso ingresar en la orden dominica, pero al no haber ningún convento de la orden en la ciudad, en 1606 tomó el hábito de terciaria dominica en la iglesia limeña de Santo Domingo.
Nunca llegaría a recluirse en un convento; Rosa siguió viviendo con sus familiares, ayudando en las tareas de la casa y preocupándose por las personas necesitadas. Bien pronto tuvo gran fama por sus virtudes, que explayó a lo largo de una vida dedicada a la educación cristiana de los niños y al cuidado de los enfermos; llegó a instalar cerca de su casa un hospital para poder asistirlos mejor. En estos menesteres ayudó al parecer a un fraile mulato que, como ella, estaba destinado a ser elevado a los altares: San Martín de Porres.
Fueron muy contadas las personas con quienes Rosa llegó a tener alguna intimidad. En su círculo más estrecho se hallaban mujeres virtuosas como doña Luisa Melgarejo y su grupo de "beatas", junto con amigos de la casa paterna y allegados al hogar del contador Gonzalo de la Maza. Los confesores de Santa Rosa de Lima fueron mayormente sacerdotes de la congregación dominica. También tuvo trato espiritual con religiosos de la Compañía de Jesús. Es asimismo importante el contacto que desarrolló con el doctor Juan del Castillo, médico extremeño muy versado en asuntos de espiritualidad, con quien compartió las más secretas minucias de su relación con Dios. Dichos consejeros espirituales ejercieron profunda influencia sobre Rosa.
No sorprende desde luego que su madre, María de Oliva, abominase de la cohorte de sacerdotes que rodeaban a su piadosa hija, porque estaba segura de que los rigores ascéticos que ella misma se imponía eran "por ser de este parecer, ignorante credulidad y juicio de algunos confesores", según recuerda un contemporáneo. La conducta estereotipada de Santa Rosa de Lima se hace más evidente aún cuando se repara en que, por orden de sus confesores, anotó las diversas mercedes que había recibido del Cielo, componiendo así el panel titulado Escala espiritual. No se conoce mucho acerca de las lecturas de Santa Rosa, aunque es sabido que encontró inspiración en las obras teológicas de Fray Luis de Granada.
Hacia 1615, y con la ayuda de su hermano favorito, Hernando Flores de Herrera, construyó una pequeña celda o ermita en el jardín de la casa de sus padres. Allí, en un espacio de poco más de dos metros cuadrados (que todavía hoy es posible apreciar), Santa Rosa de Lima se recogía con fruición a orar y a hacer penitencia, practicando un severísimo ascetismo, con corona de espinas bajo el velo, cabellos clavados a la pared para no quedarse dormida, hiel como bebida, ayunos rigurosos y disciplinas constantes.
Sus biógrafos cuentan que sus experiencias místicas y estados de éxtasis eran muy frecuentes. Según parece, semanalmente experimentaba un éxtasis parecido al de Santa Catalina de Ricci, su coetánea y hermana de hábito; se dice que cada jueves por la mañana se encerraba en su oratorio y no volvía en sí hasta el sábado por la mañana. Se le atribuyeron asimismo varios dones, como el de la profecía (según la tradición, profetizó su muerte un año antes); la leyenda sostiene que incluso salvó a la capital peruana de una incursión de los piratas.
Santa Rosa de Lima sufrió en ese tiempo la incomprensión de familiares y amigos y padeció etapas de hondo vacío, pero todo ello fructificó en una intensa experiencia espiritual, llena de éxtasis y prodigios, como la comunicación con plantas y animales, sin perder jamás la alegría de su espíritu (aficionado a componer canciones de amor con simbolismo místico) y la belleza de su rostro. Llegó así a alcanzar el grado más alto de la escala mística, el matrimonio espiritual: la tradición cuenta que, en la iglesia de Santo Domingo, vio a Jesucristo, y éste le pidió que fuera su esposa. El 26 de Marzo de 1617 se celebró en la iglesia de Santo Domingo de Lima su místico desposorio con Cristo, siendo Fray Alonso Velásquez (uno de sus confesores) quien puso en sus dedos el anillo simbólico en señal de unión perpetua.
Con todo acierto, Rosa había predicho que su vida terminaría en la casa de su bienhechor y confidente Gonzalo de la Maza (contador del tribunal de la Santa Cruzada), en la que residió en estos últimos años. Pocos meses después de aquel místico desposorio, Santa Rosa de Lima cayó gravemente enferma y quedó afectada por una aguda hemiplejía. Doña María de Uzátegui, la madrileña esposa del contador, la admiraba; antes de morir, Santa Rosa solicitó que fuese ella quien la amortajase. En torno a su lecho de agonía se hallaba el matrimonio de la Maza-Uzátegui con sus dos hijas, doña Micaela y doña Andrea, y una de sus discípulas más próximas, Luisa Daza, a quien Santa Rosa de Lima pidió que entonase una canción con acompañamiento de vihuela. La virgen limeña entregó así su alma a Dios, el 24 de Agosto de 1617, en las primeras horas de la madrugada; tenía sólo 31 años.
