Su nombre de pila era Juan Yepes Álvarez, nació el 24 de Junio del año 1542 en Fontiveros, Ávila (España). Era hijo de un modesto tejedor, descendiente de ricos comerciantes de seda de Toledo, llamado Gonzalo Yepes, que falleció cuando Juan todavía era muy joven. Tras la muerte de su padre, Juan se trasladó junto a su madre, una tejedora huérfana de nombre Catalina Álvarez, a la localidad abulense de Arévalo y más tarde a Medina del Campo (Valladolid), en donde trabajó como aprendiz de varios oficios, entre ellos carpintero y pintor. Juan tuvo dos hermanos mayores, Luis, fallecido con seis años, y Francisco.
Estudió en el Colegio de la Doctrina para los niños pobres. A causa de la pobreza y estrecheces en su infancia y adolescencia, no creció mucho en altura física, no así en su talla espiritual. En el año 1563, cuando contaba 21 años, ingresó en la Orden Carmelita de Medina del Campo, donde tomó el nombre de Fray Juan de San Matías y un año más tarde se instruyó en la Universidad de Salamanca, ordenándose Sacerdote en 1567, si bien su vocación fue la vida contemplativa y eremítica.
Conoció a Santa Teresa de Jesús, quien influyó notablemente en su obra y con quien colaboró para reformar la Orden. En Noviembre de 1568, en medio de la Reforma de la Orden del Carmen que inicia con Santa Teresa de Jesús, cambia su nombre por el de Fray Juan de la Cruz y funda el primer Convento de los Carmelitas Descalzos.
Estuvo en prisión en Toledo a finales del año 1577, tras la fundación del Carmelo Descalzo en Segovia, por el conflicto entre Carmelitas Descalzos y Calzados. Durante nueve meses estuvo recluido y allí comenzó a establecer su poesía mística que ejemplifica desde una bella y musical disposición lírica el contacto espiritual del poeta y el sentir creyente. “Teresa está muerta y la reforma con ella” llegaron a asegurarle sus hermanos carceleros.
Para San Juan de la Cruz, los nueve meses de encierro fueron un período de intenso crecimiento, como un niño que crece en el útero. Su cautiverio físico en la oscuridad se convirtió en un símbolo del viaje del alma en busca del Señor y siendo buscado por él. Mientras estaba cautivo, la paciencia de San Juan daría frutos en la más bella poesía mística, "Noche oscura".
Huyó de prisión en el verano de 1578 para retornar a sus actividades religiosas en Andalucía. El 28 de Noviembre de 1581 tiene lugar en Ávila su último encuentro con Santa Teresa de Jesús, en el que tratarán de la fundación de Granada y Burgos. Los Reformadores del Carmelo no volverán a verse. En Úbeda, provincia de Jaén, falleció a causa de unas calenturas el 14 de Diciembre de 1591, a los 49 años de edad y 27 de religioso.
Fue Beatificado en 1675 por el Papa Clemente X y Canonizado por Benedicto XIII en 1726. El 24 de Agosto de 1926, Aniversario de la Reforma Carmelitana, el Papa Pío XI lo proclamó Doctor de la Iglesia Universal.
Santa Teresa había visto en Juan un alma muy pura, a la que Dios había comunicado grandes tesoros de luz y cuya inteligencia había sido enriquecida por el Cielo. Los escritos del Santo justifican plenamente este juicio de Santa Teresa, particularmente los poemas de la “Subida al Monte Carmelo”, la “Noche Oscura del Alma”, la “Llama de Amor viva” y el “Cántico Espiritual”, con sus respectivos comentarios. Así lo reconoció la Santa Iglesia en 1926, al proclamar Doctor a San Juan de la Cruz por sus obras Místicas.
La doctrina de San Juan de la Cruz se resume en el amor del sufrimiento y el completo abandono del alma en Dios. Ello le hizo muy duro consigo mismo; en cambio, con los otros era bueno, amable y condescendiente. Por otra parte, el santo no ignoraba ni temía las cosas materiales, puesto que dijo: “Las cosas naturales son siempre hermosas; son como las migajas de la mesa del Señor.”
San Juan de la Cruz vivió la renuncia completa que predicó tan persuasivamente. Pero a diferencia de otros menores que él, fue “libre, como libre es el Espíritu de Dios”. Su objetivo no era la negación y el vacío, sino la plenitud del Amor Divino y la Unión Sustancial del alma con Dios.
